A causa di un virus saltò gli Australian Open[96], e rientrò nel circuito a febbraio sulla terra rossa perdendo la finale al Chile Open, per poi vincere i due successivi tornei a São Paulo e Acapulco. Tornò alla vittoria anche negli Stati Uniti con il trionfo in finale su del Potro a Indian Wells, nel suo primo titolo sul cemento dopo Tokyo 2010.[97] Rientrato in Europa, a Monte Carlo Đoković interruppe la serie di 46 incontri e otto titoli consecutivi da Nadal nel Principato battendolo in finale per 6-2, 7-6.[98]
Subito si riscattò vincendo quattro tornei consecutivi a Barcellona, Madrid, Roma e al Roland Garros, sconfiggendo nelle rispettive finali Nicolás Almagro, Stan Wawrinka, Federer e nello Slam parigino Ferrer, dopo essersi preso la rivincita in semifinale su Đoković vincendo 9-7 il quinto set. A Wimbledon uscì di scena al turno d'esordio per mano di Steve Darcis che lo sconfisse in tre set, interrompendo una striscia di 22 incontri vinti consecutivamente da Nadal.
L'estate americana portò una nuova serie di successi con i trionfi in finale a Montréal su Milos Raonic, a Cincinnati su John Isner e infine agli US Open, dove con il successo in quattro set su Đoković conseguì il tredicesimo titolo in un torneo del Grande Slam e divenne il terzo uomo a completare il Summer Slam a distanza di dodici anni dall'impresa di Roddick nell'estate 2001. Raggiungendo la finale all'ATP 500 di Pechino si riprese dopo due anni la prima posizione mondiale strappandola a Đoković, che tuttavia lo sconfisse in 2 set nell'ultimo atto del torneo.[99] Alle ATP Finals di Londra ha la certezza matematica di chiudere l'anno da nº 1 per la terza volta in carriera dopo il 2008 e il 2010.[100] In semifinale sconfisse in due set Federer, nella 32ª edizione del classico, e nella sua seconda finale in carriera fu Đoković a impedirgli di conquistare uno dei pochi grandi trofei ancora assenti dalla sua bacheca. Chiuse la stagione con 10 titoli conquistati, con un guadagno di 14 570 935 dollari in montepremi, nuovo record assoluto, e in vetta al ranking ATP.
2014: 9º Roland Garros
Nel 2014 vinse per la prima volta il singolare al torneo di Doha superando in finale Gaël Monfils. Agli Australian Open sconfisse in semifinale Federer in tre set e raggiunse la finale con Wawrinka ma, vittima di un infortunio alla schiena, non poté opporre resistenza al tennista elvetico che si impose in quattro set e per la prima volta vinse una prova dello Slam.[101] Nadal si aggiudicò quindi il torneo di Rio de Janeiro con il successo in finale su Aleksandr Dolhopolov, che si prese la rivincita sconfiggendolo al terzo turno di Indian Wells. Nadal raggiunse la finale al successivo Miami Open e perse in due set contro Đoković.
Dopo aver raggiunto 9 finali consecutive, fu eliminato nei quarti di Monte Carlo da David Ferrer, che non lo batteva sulla terra da 10 anni.[102] Vinse il successivo Masters 1000 di Madrid grazie al ritiro in finale di Kei Nishikori. Sconfitto da Đoković anche in finale agli Internazionali d'Italia, si prese la rivincita sul serbo battendolo in rimonta al quarto set nella finale del Roland Garros, ottenendo il nono titolo parigino ed eguagliando i 14 successi di Pete Sampras nelle prove del Grande Slam.[103]
A Wimbledon Nick Kyrgios lo eliminò negli ottavi in quattro set. Un infortunio al polso gli fece saltare la stagione sul cemento, inclusi gli US Open.[104] Al rientro in campo in autunno al China Open, fu colto da un attacco di appendicite che limitò[105] il rendimento negli ultimi tornei dell'anno. Saltò anche le ATP Finals per sottoporsi il 3 novembre a un intervento di appendicectomia.[106] Terminò anticipatamente la stagione al 3º posto mondiale.
2015
La stagione iniziò con la vittoria in doppio a Doha in coppia con Juan Mónaco. Sconfitto in tre set nei quarti agli Australian Open da Tomáš Berdych, vinse il primo titolo stagionale battendo Mónaco a Buenos Aires. Dopo i deludenti risultati nei primi due Masters 1000 stagionali negli USA, i tornei primaverili europei sul rosso gli riservarono una sorprendente serie di sconfitte tra cui quelle in semifinale contro Ðoković a Monte Carlo, in finale contro Murray a Madrid e nei quarti a Roma contro Wawrinka. Al Roland Garros subì la seconda sconfitta in carriera, battuto in tre set nei quarti da Ðoković. Sceso al 10º posto del ranking, vinse contro Viktor Troicki la finale sull'erba di Stoccarda ma fu eliminato al secondo turno a Wimbledon da Dustin Brown. Vinse l'ultimo titolo stagionale ad agosto con il successo su Fabio Fognini nella finale di Amburgo.
Il miglior risultato della tournée americana di fine estate furono i quarti raggiunti al Canadian Open, mentre al terzo turno degli US Open fu sconfitto in rimonta da Fabio Fognini: non era mai successo che lo spagnolo si facesse rimontare da un vantaggio di due set a zero.[107] Grazie ad alcuni discreti risultati negli ultimi tornei stagionali si qualificò alle ATP World Tour Finals come quinta testa di serie e, dopo aver superato il girone da imbattuto, fu sconfitto in semifinale da Ðoković con un doppio 6-3. Concluse la stagione al 5º posto mondiale, dopo che per la prima volta dal 2004 non aveva vinto alcun titolo del Grande Slam o Masters 1000.
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